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現況
一、教學
本所發展在於研究與細胞癌化及中樞疾病等有關之致因及其藥物治療之作用機轉。教學範圍包括自泌素、荷爾蒙、中樞及自主神經系統、消化系統、遺傳系統及藥物之人體動力學等多項，並以現代分子及細胞生物技術作為研究工具及方法。教學之課程安排配合本所目前發展目標，也邀請各相關領域之國內外學者專家來講學，以尋求更廣泛的未來需求，造就博學專業之人才，以利國家發展現代化醫療和高科技研究所需。
目前本所開設之課程有高等藥理學、分子藥理學、實驗藥理學、專題討論、儀器分析、分子生物學、生長基因與致癌基因、高等神經生理學、藥品動態學、神經藥理學等近30門專業科目。碩士班畢業學分規定30學分，包括專業必修科目9學分、專業選修科目至少15學分以上、論文6學分。
為提昇教學品質，本所亦計畫將藥理學加入臨床醫師講解臨床用藥情形，增加學生之瞭解及提高興趣，並配合院方教學品質提昇逐步完成以系統為導向之整合性教學課程；讓博、碩士班學生參與藥理學助教工作，以提高教學效果；及刪減實驗課程,並加入專題討論課程。
二、人員編制
本所師資陣容堅強，現有專任教授7人、副教授2人、助理教授1人、專案計畫助理教授4人、兼任講師1人。另外尚有博士後研究員4人，碩士班研究生共69人，本所老師負責指導基醫所博士班研究生共30人。教師年齡層跨越老、中、青三代，皆為基礎醫學界優秀人才。
三、設備
本所負責大學部教學實驗設在醫學院三樓教學專用實驗室，配備多用途生理記錄器、濡動幫浦、血小板凝集測定及各種手術用具等。
研究儀器設於本院大樓八樓，包含超高速離心機、高速離心機、純水製造機(RO、MQ、D2W)、高速蛋白層析儀(FPLC)、高速液相層析儀(HPLC)、綜合生理記錄器、分光光譜儀、螢光光譜儀、β及γ放射線計數儀、波型分析儀、連續培養裝置、氣相分析儀、掃描記錄儀(scanner)、螢光顯微鏡、多元性記錄滴定器、雷射即時掃描顯示儀(Confocal)、旋光分光儀、無菌操作箱等多種貴重儀器。
四、研究
本所教師積極申請國科會、教育部、衛生署及國家衛生研究院研究計畫，研究成果也頗受學界肯定。張文昌教授今年(2004)獲選為中央研究院院士及第八屆教育部國家講座，至今總共有三位教師獲得國科會傑出研究獎。本所亦獲醫學院推薦為本校優良系所代表，研究成果在國內外各著名之雜誌發表，論文頗多，研究成果豐碩。(資料詳如下列表格)
五、未來發展與目標
本所發展在於研究與疾病有關之癌症和中樞系統疾病之致因及其藥物治療之作用機轉。研究範圍包括自泌素、荷爾蒙、中樞及自主神經系統、消化系統、遺傳系統和藥物之人體動力等多項，並以現代分子及細胞生物技術作為研究工具及方法。
近程目標：
1.逐漸整合形成研究群﹐並對外爭取研究經費--生物訊息研究群,神經科學研究群等。
2.擇選優秀臨床同仁共同參與研究及教學工作。
遠程目標：
1.藥理學研究所博士班之成立。
2.配合動物模式藥物藥理作用的探討，邁向以細胞及分子為導向之特色研究所(Department of Cellular and Molecular Pharmacology)。
3.招收國際研究生並建立國際交流管道，提高國際知名度。
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